Cet ouvrage fournit les éléments historiques, scientifiques et philosophiques permettant de comprendre les débats passionnés qui traversent les sciences du vivant, une discipline aujourd'hui en pleine ébullition : qu'est-ce que la vie ? qu'est-ce qu'un gène ? qu'est-ce qu'un écosystème ? Autant de définitions essentielles sur lesquelles les biologistes, les philosophes et les historiens des sciences ne s'accordent curieusement pas. L'ouvrage propose au lecteur une alternance de chapitres exposant les points incontournables de l'histoire des principaux domaines de la biologie (biologie moléculaire, génétique, immunologie, embryologie, écologie, etc.) et de chapitres qui, après cette mise en perspective historique, présentent et discutent les débats animant la communauté des biologistes, des philosophes et des historiens autour de ces concepts clés.

La vie, et alors ? - Débats passionnés d'hier et d'aujourd'hui

L'origine des individus

Les enjeux de la biologie ne concernent pas seulement le vivant en tant que tel. Par ce qu'elles nous disent de notre identité et de notre place dans le monde, les théories biologiques influencent les sciences humaines. Au vingtième siècle, elles ont servi de caution à des idéologies comme le darwinisme social et l'eugénisme. La polémique sur le déterminisme génétique pendant la campagne présidentielle de 2007 et celle qui a suivi sur les tests ADN témoignent qu'elles interviennent toujours dans le débat politique. Habituellement, la critique du déterminisme génétique se fait au nom de principes éthiques. Dans L'origine des individus, Jean-Jacques Kupiec se place d'un point de vue différent, celui de la recherche biologique. Il démontre que le déterminisme génétique ne doit pas être rejeté uniquement parce qu'il est moralement injuste, mais parce qu'il est faux scientifiquement. Il est en contradiction avec les données acquises par la biologie moléculaire. L'analyse montre également que les théories holistes et les théories de l'auto-organisation ne sont pas des alternatives valables. Pour résoudre la contradiction du déterminisme génétique, la biologie doit dépasser les schémas de pensée qui l'ont toujours enfermée depuis l'Antiquité. L'ontogenèse et la phylogenèse sont deux aspects inséparables d'une même réalité ne constituant qu'un seul processus d'hétéro-organisation. Au cours de cette ontophylogenèse, les êtres vivants individuels et les espèces se forment de manière identique. L'environnement n'est pas seulement ce qui est extérieur à l'organisme, il se prolonge dans son milieu intérieur où agit la sélection naturelle. L' ontophylogenèse détruit la conception d'un individu qui n'existerait que par sa détermination interne et lui substitue celle d'un individu existant par la relation à ce qui lui est extérieur. L'Autre est présent dans les fondements biologiques de notre identité. Jean-Jacques Kupiec est chercheur en biologie et en épistémologie au centre Cavaillès de l'Ecole normale supérieure de Paris. Son travail concerne la biologie moléculaire, la biologie théorique et la philosophie de la biologie.

Par l'auteur du best-seller Ni Dieu ni gène (avec Pierre Sonigo, Seuil). Le gène déterminerait-il l'essentiel des caractéristiques physiques et psychiques de l'individu ? C'est en tout cas ce que proclame la génétique depuis des décennies. Jean-Jacques Kupiec remet en cause cette affirmation en démontrant le rôle central du hasard face au déterminisme. Pour qu'enfin soit reconnue la part anarchique du vivant.

Et si le vivant était anarchique ? - La génétique est-elle une gigantesque anarque ?

Ni Dieu Ni Gène:  Pour Une Autre Théorie De L'hérédité

La biologie reconnaît deux entités dont l'existence semble une donnée immédiate de la perception et non une élaboration théorique ou le résultat d'une démarche expérimentale. Ce sont l'espèce et l'individu, dont on cherche à expliquer la genèse et le fonctionnement. Cette reconnaissance structure la biologie dans ses champs disciplinaires et dans ses théories. Elle aboutit à une séparation entre les disciplines qui concernent l'espèce (les sciences de l'évolution, la systématique...) et celles qui expliquent l'individu (l'embryologie, la physiologie...). De ce fait, l'évolution des espèces et le développement des organismes individuels sont considérés comme deux phénomènes qui, ayant des causes distinctes, nécessitent des approches séparées. Lors d'une série de conférences tenues en 2011, l'auteur soutient que cette manière de scinder la biologie n'est plus tenable au regard des données expérimentales acquises récemment. Il propose une nouvelle théorie dite de l'ontophylogenèse qui unifie la biologie : l'évolution des espèces et le développement embryonnaire résultent d'un seul processus de sélection naturelle étendue.

L'ontophylogenèse - Evolution des espèces et développement de l'individu

Une révolution est nécessaire dans les sciences du vivant. La géné­tique - fondamentalement déterministe - ne tient pas la route face à la somme des données expérimentales démontrant que le hasard est omniprésent dans le vivant, y compris dans le fonctionnement des « gènes ». La génétique, que ce soit dans sa version forte (un gène détermine un caractère d'un être vivant) ou dans sa version adoucie appelée « épigénétique » (le déterminisme du gène est tempéré par d'autres facteurs, dont l'environnement), est ainsi ébranlée dans son fondement : le désordre règne là où était censé régner un programme. Mais plutôt qu'abandonner cette théorie erronée, les biologistes pratiquent un double discours qui consiste à osciller en permanence entre les deux versions de la génétique (forte et adoucie), ce qui a pour effet de la transformer en une idéologie infaillible.

Pour sortir de cette impasse, il est temps d'accepter la part anarchique du vivant, c'est-à-dire la variation aléatoire qui en est la propriété première, et d'en tirer les conséquences. Il n'existe aucun ordre biologique intrinsèque qui déterminerait la vie. Les êtres vivants ne sont pas des sociétés centralisées de cellules obéissant aux ordres du génome ou de l'environnement, mais des communautés de cellules anarchistes, libres et actrices de leur destin, grâce au hasard qu'elles utilisent à leur profit. Ni gène, ni environnement, une nouvelle voie s'ouvre ici à la recherche biologique.

Et si le vivant était anarchique ; la génétique est-elle une gigantesque arnaque ?

La biologie reconnaît deux entités dont l'existence semble une 
donnée immédiate de la perception et non une élaboration 
théorique ou le résultat d'une démarche expérimentale. Ce sont 
l'espèce et l'individu, dont on cherche à expliquer la genèse et 
le fonctionnement. Cette reconnaissance structure la biologie 
dans ses champs disciplinaires et dans ses théories. Elle 
aboutit à une séparation entre les disciplines qui concernent 
l'espèce (les sciences de l'évolution, la systématique, etc.) et 
celles qui expliquent l'individu (l'embryologie, la physiologie, 
etc.). De ce fait, l'évolution des espèces et le développement 
des organismes individuels sont considérés comme deux 
phénomènes qui, ayant des causes distinctes, nécessitent des 
approches séparées. Lors d'une série de conférences tenues en 
2011, l'auteur soutient que cette manière de scinder la biologie 
n'est plus tenable au regard des données expérimentales 
acquises récemment. Il propose une nouvelle théorie dite de 
l'ontophylogenèse qui unifie la biologie : l'évolution des 
espèces et le développement embryonnaire résultent d'un seul 
processus de sélection naturelle étendue.

En 2013, à l'heure de l'essor d'une biologie post - génomique et systémique, de nombreux aspects de l'oeuvre de Claude Bernard sont encore d'actualité pour penser le renouveau de la biologie. Né il y a deux siècles, il a marqué le développement de toute la physiologie moderne. Entre science et philosophie, déterminisme et vitalisme, théorie cellulaire et synthèse morphologique - ce livre lui rend hommage.

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