En 1544, après quatre ans de négociations, le conflit entre Genève et Berne au sujet des terres de Saint-Victor et de Chapitre trouve une résolution avec le Second Départ de Bâle. En revanche, les démarches avec la France pour récupérer le mandement de Thiez se soldent par un échec définitif. Toutes ces démarches ont conduit le gouvernement à rassembler les titres de la Ville, dont il entreprend désormais la conservation. La conjoncture difficile de l'année précédente se poursuit, obligeant les autorités à ravitailler la ville en céréales et les incitant à poursuivre la politique d'expulsion des étrangers indigents. Les finances sont fortement sollicitées à la fois par l'hôpital général et par la défense de la ville, dans un contexte tendu engendré par les hostilités entre le roi de France et l'Empereur. Toutefois, la paix conclue entre les deux souverains et ses corollaires inquiètent, en particulier la restitution de ses terres au duc de Savoie, lequel représente un danger beaucoup plus immédiat pour Genève. En matière de religion, l'année est consacrée à la mise en place de la prédication à la campagne, notamment dans les paroisses cédées à Genève et dans les paroisses mixtes.

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 9, du 1er janvier au 31 décembre 1544 (2 volumes)

L'année 1542 est marquée par l'inquiétude. L'avenir des relations entre Genève et Berne est incertain à la suite du refus de la seconde de ratifier le Départ de Bâle, négocié l'année précédente pour tenter de mettre fin à leur différend au sujet des terres de Saint-Victor et Chapitre. Si les pourparlers reprennent, l'année se termine sans avancée significative. La reprise des hostilités entre François Ier et Charles Quint voit le passage de milliers de soldats à travers la ville. Dans ce contexte, Genève continue à se fortifier, ce qui grève lourdement les finances publiques. Autre menace à frapper la ville, la peste se déclare en septembre. La peur de la contagion s'installe ; l'accès à la ville est restreint et des mesures d'hygiène sont imposées. En matière de politique intérieure, l'Edit du lieutenant, réglementant la justice, est adopté en Conseil général et le Consistoire, organe destiné à veiller au maintien de l'orthodoxie et à lutter contre les délits envers la foi, est mis en place.,

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 7, 1542, 2 volumes

L'année 1541 est celle du retour de Calvin à Genève et de l'adoption des ordonnances ecclésiastiques, qui non seulement codifient les pratiques liturgiques, mais marquent également la naissance de la Compagnie des Pasteurs et du Consistoire, dotant la République d'une sorte de tribunal du bien croire et du bien vivre. En cette année 1541, la politique extérieure, essentiellement tournée vers Berne, est marquée par le renouvellement de la combourgeoisie et les négociations au sujet des terres de Saint-Victor et Chapitre, objet de litige depuis 1536, qui débouchent sur l'accord connu sous le nom de premier Départ de Bâle. En matière de politique intérieure, l'année 1541 se signale par la spécification des responsabilités et des devoirs des magistrats et des principaux officiers de la Ville, le renforcement de l'ordre public, le développement de l'organisation et des procédures judiciaires, ainsi que la défense de la Cité, qui engloutit la majorité de ses revenus.

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 6, 1541, 2 volumes

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 5, 1540, 2 volumes

L'année 1540 est essentiellement marquée par les suites de l'affaire du traité négocié par les Articulants l'année précédente. Les autorités genevoises tentent à tout prix de le faire annuler, avec succès, en rejetant la faute sur leurs trois ambassadeurs, lesquels sont soutenus par Berne, qui cherche ainsi à laver son honneur. 
La condamnation à mort des Articulants en juin provoque une émeute, dont les conséquences se font sentir jusqu'à la tête du gouvernement et durent jusqu'à la fin de l'année.
Aux désordres causés par les fugitifs qui ont quitté Genève au lendemain de l'émeute s'ajoutent les infractions de juridiction des officiers bernois dans les terres de Saint-Victor et Chapitre, qui deviennent de plus en plus audacieuses.
La défense de la ville est une préoccupation constante et les travaux engagés durant l'été 1539 se poursuivent et se renforcent, surtout après les événements de juin. L'entreprise la plus marquante de l'année est la destruction du faubourg de la Corraterie décidée en septembre, malgré les protestations de ses habitants. 
Du côté de la religion et de la discipline ecclésiastique, les ministres de la ville se heurtent à la résistance d'une partie de la population encore attachée au catholicisme. Confrontés à des critiques et à des insolances à leur égard, deux d'entre eux, Jean Morand et Antoine Marcourt, quittent la ville en août et en septembre respectivement. Ces défections ainsi que le changement de majorité au sein du gouvernement entraînent le rappel de Jean Calvin à Genève, qui en a été chassé en 1538. Occupé ailleurs, ce dernier repousse sa venue et n'arrivera qu'en septembre 1541. En attendant, les deux ministres restés à Genève pourront compter sur Pierre Viret, appelé en renfort, lequel arrivera en début d'année.

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 4, 1539, 2 volumes

Registres du Conseil de Genève à l'époque de Calvin - Tome 3, 1538, 2 volumes

Le Registre du Conseil de Genève de 1538 est d'une formidable richesse, abordant des domaines aussi variés que l'économie, la religion, la justice, la politique et les institutions. L'année 1538 est marquée par la poursuite de la reconnaissance du droit de la Seigneurie sur les anciens biens ecclésiastiques - revendiqué par les Bernois d'une part et le roi de France d'autre part, dans un contexte où les soupçons d'espionnage comme les attroupements de soldats aux portes de Genève y font grandir l'inquiétude -, par l'affermissement du contrôle social et moral, par la création de la Chambre des Comptes, par l'unification cérémonielle avec Berne et surtout par le bannissement de Calvin et Farel. Les élections du début de l'année ayant porté au pouvoir leurs opposants, ces derniers tentent de les tenir à l'écart de la politique et de les museler en les empêchant de prêcher. N'y parvenant pas, ils les feront expulser de la ville pour insubordination.

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