Shinya Yamanaka (en japonais 山中 伸弥, Yamanaka Shin'ya), né le 4 septembre 1962 à Higashiosaka au Japon, est un médecin japonais et chercheur sur les cellules souches pluripotentes induites et la reprogrammation des cellules somatiques. Yamanaka partage son temps entre San Francisco et Kyoto. Au Japon, il est à la fois directeur du Center for iPS Cell Research and Application (CiRA) et directeur de recherches à l'Institute for Integrated Cell-Material Sciences (iCeMS), tous deux à l'université de Kyoto. Cet ancien chirurgien orthopédiste a été formé à la recherche biomédicale lors d'un stage post-doctoral à San Francisco dans les années 1990 ; il exerce également depuis 2007 les fonctions de directeur de laboratoire aux Gladstone Institutes et de professeur d'anatomie à l'université de Californie à San Francisco. Il est corécipiendaire du prix Nobel de physiologie ou médecine 2012 avec John Gurdon.